SMM stawia sobie następujące cele:

1. Prowadzenie szkolenia podyplomowego dla absolwentów wyższych uczelni, przede wszystkim lekarzy a także farmaceutów, biologów i biotechnologów pracujących na rzecz medycyny, wykonujących jednocześnie pracę doktorską z dziedziny medycyny molekularnej.
   
   
2. Przygotowanie młodej kadry dydaktycznej do kształcenia studentów medycyny w zakresie medycznej genetyki molekularnej i biologii molekularnej.
   
   
3. Integrację krajowych i zagranicznych ośrodków naukowo-badawczych i klinicznych, działających w dziedzinie medycyny molekularnej.
   
   
4. Upowszechnianie zdobyczy medycyny molekularnej i wdrożenie ich do praktyki.